Po pierwsze i prawdopodobnie najważniejsze - IntelliJ IDEA >> Eclipse
Po drugie (bardziej odnosząc się do Twojego pytania), testowanie jakimiś metodami w stylu System.currentTimeMillis() nie ma sensu. W Javie (i innych językach JVM) w każdym momencie może dość do GarbageCollection, który diametralnie może zmienić czas wykonywania programu, nawet kilkukrotnie. Do tego dochodzą rzeczy takie jak to, że na początku JVMka musi się rozkręcić, więc pierwsze uruchomienia programu będą na pewno wolniejsze od kolejnych i kompilator co jakiś czas może stwierdzić, że zoptymalizuje sobie jakiś fragment kodu, co też znacząco wpływa na czas wykonania.
Wniosek? Poszukaj jakiegoś specjalnego framework'a do testów, który będzie automatycznie wykonywał wielokrotne testy wykrywając i ignorując zakłócenia powodowane przez GC i inne. Sam nigdy nie korzystałem, więc musisz coś pogooglać, lub może ktoś inny podrzuci ;)
PS. Byłem kiedyś na takim wykładzie o JVMce i gość korzystał z jakiegoś Googlowego framworka do testów i bardzo polecał, ale nazwy nie pamiętam.