Nie jestem pewien czy to o to chodzi.
Stwórz tabelę łączącą tabelę article z tabelą category z kluczem obejmującym obie kolumny.
CREATE TABLE article_category (
article_id INT NOT NULL,
category_id INT NOT NULL,
PRIMARY KEY(article_id, category_id)
) DEFAULT CHARACTER SET utf8 ENGINE=innoDB;
article_id category_id
3 9
7 3
7 4
7 5