Dodaj do warstwy kanał alfa (czyli odpowiadający za przezroczystość):
• Spójrz na listę warstw (zazwyczaj po prawej)
• Wybierz prawym przyciskiem myszy warstwę, której fragment chciałaś usunąć
• Wybierz "Add Alpha Channel"
Następnie normalnie usuwaj. By usunąć z warstwy również puste miejsce, użyj Layer → Autocrop Layer.
Ta metoda pozwoli na "właściwe" (to jest nie zostawiające bieli) usunięcie dowolnego fragmentu.
Alternatywne rozwiązanie to użycie narzędzia Crop (przycinania, Shift+C).