Witaj!
MBR / GPT dotyczą całego dysku twardego, więc najłatwiejszym rozwiązaniem jest pozwolenie instalacji Windows na sformatowanie i przepartycjonowanie całego dysku.
Jeżeli Windows sam nie będzie potrafił zmienić MBR na GPT to kolejną możliwością jest użycie wbudowanych programów w instalator systemu Windows, które również usuną wszystkie partycje. Podczas działającego instalatora klikasz Shift+F10, otwiera Ci się konsola, komenda list disk pokaże wszystkie dyski twarde, wybierasz dysk poleceniem select disk # gdzie # to numer dysku, a następnie convert gpt.
Zmiana tabeli partycji bez usuwania informacji o partycjach jest raczej rzeczą ryzykowną.