Node.js bez problemu może współpracować także z MySQL. Popularność MongoDB związane jest z parciem na "nowe". Tym samym "nowy" backend (node.js) został połączony z "nową" bazą danych (MongoDB).
Inna rzecz, że bazy NOSQL dla zastosowań, w których node.js faktycznie jest dobry (sockety itd) często są wydajniejsze niż bazy SQL.