No to tak: modyfikujesz twoje zapytanie tak, aby sprawdzało przy okazji, czy użytkownik ma większe prawa niż np 1, 2 czy 3, jak tam wolisz. Czyli:
$zapytanie = "DELETE FROM `".$prefix."Uzytkownicy` WHERE ID =".$id."";
zmieniasz na np:
$zapytanie = "DELETE FROM `".$prefix."Uzytkownicy` WHERE ID =".$id." AND prawa<3";