Wydaje mi się, że problemem są te dwie linijki:
this.posX = event.clientX;
this.posY = event.clientY;
This w ty miejscu wskazuje na obiekt Window. Powinieneś użyć zmiennej pomocniczej, np. self
var App = (function(){
this.posX = 0;
this.posY = 0;
this.init = (function(){
var self = this;
window.onmousemove = (function(event){
event = event || window.event;
self.posX = event.clientX;
self.posY = event.clientY;
});
this.timeStep();
});
this.timeStep = (function(){
console.info(this.posX + "\t" + this.posY);
var _this = this;
setTimeout((function(){
_this.timeStep();
}), 2000);
});
});