1. Skrypty JS wrzucaj przez </body>
2. Wyrzuć ten skrypt który odpowiada za smooth scroll do anchor linków. Skoro już korzystasz z jquery, to po co ładować jakieś dodatkowe skrypty kiedy można ten efekt uzyskać w samym JQ bardzo prosto.
$('a').click(function(){
$('html, body').animate({
scrollTop: $( $.attr(this, 'href') ).offset().top
}, 500);
return false;
});
W menu - <a class="a_class" id="link1" href="#ID_SEKCJI_DO_KTOREJ_CHCESZ_ZJECHAC">Home</a>
np. <a class="a_class" id="link1" href="#home">Home</a>
O błędach nie będę się rozpisywał, bo jest ich od groma.