Po prostu wypisywane słowa nie mieszczą się w konsoli. Zrób tak:
Konsola -> Właściwości -> Układ -> Rozmiar buforu ekranu
I w tym miejscu zmień wysokość.
I zmień pętlę wczytującą z pliku z takiej:
while(!slowa.eof())
{
getline(slowa,linia);
cout<<linia<<endl;
}
Na taką:
while(getline(slowa,linia))
{
cout<<linia<<endl;
}