O ile się orientuję w działaniu managera okien, to tzw. focus może mieć tylko jedno okno w danym czasie. Kiedy zaś focus nie jest przyznany oknu Twojej aplikacji, nie będzie ona czytać żadnych danych z klawiatury.
Obejściem tego problemu są tzw. haki (ang. hooks), ale nigdy się temu bliżej nie przyglądałem. W każdym razie podrzuciłem Ci hasło, przynajmniej wiesz czego szukać. :) O ile w ogóle dobrze zrozumiałem problem. ;)