Tak. Robisz taką tabelę dla użytkowników:
UserID - Klucz główny
LevelID - Klucz obcy
Potem tworzysz drugą:
Dorabiasz tworzysz relacje. Do drugiej tabeli możesz dodać kolumny typu bool.
Kolejny pomysł jaki przyszedł mi na myśl to stworzenie systemu bazującego na liczbach. Tak jak rwx i 777 w linuxie Jeśli Twoja baza jest obsługiwana przez PHP to napisz klasę która będzie interpretować takie liczby, a w bazie to jedna kolumna.