Najprościej skorzystać chyba z funkcji system do stworzenia skrótu:
system("mklink /d nazwa_skrotu docelowy_plik");
Funkcja system może czasami sprawiać problemy, dla lepszych rezultatów polecam sprawdzić WinAPI.
Co do niewidzialnego folderu: ustawiasz dla niego funkcją SetFileAttribute atrybut FILE_ATTRIBUTE_HIDDEN. Oczywiście musisz dołączyć bibliotekę windows.h.
https://msdn.microsoft.com/en-us/library/aa365535%28VS.85%29.aspx