Polecam zapoznać się ze standardem JavaDoc, z którego wywodzą się phpDoc i jsDoc, które są de facto standardami tworzenia tego typu dokumentacji. Całość sprowadza się do wstawiania odpowiednich komentarzy do kodu, z których następnie odpowiednie narzędzia (np. jsDuck, jsDoc) generują dokumentacje typu
http://docs.ckeditor.com