Oczywiście, że <cstdlib> http://en.cppreference.com/w/cpp/header/cstdlib, gdyż:
1. Jest to nagłówek standardowy,
2. <windows.h> posiada elementy charakterystyczne dla windowsa i wg mnie początkujący programista nie powinien jej używać,
3. Wszystkie elementy z <cstdlib> powinny działać na różnych platformach,
4. <windows.h> załącza <cstdlib>, czyli wychodzi na to samo.
PS. dla więkoszości funkcji z <windows.h> są alternatywy w bibliotekach standardowych, np. dla funkcji Sleep():
#include <iostream>
#include <thread>
#include <chrono>
using namespace std;
int main() {
cout << "Start" << endl;
this_thread::sleep_for(chrono::milliseconds(2000)); // Taki tam Sleep()
cout << "Stop" << endl;
}