Różnica polega na innych bibliotekach dostępnych na różnych systemach. C/C++ posiada biblioteki niskiego poziomu, które nie występują na każdym systemie, więc programy, które działały Ci na Windowsie mogą już się nie kompilować na macOS/Linux'ie. Trzeba sprawdzić czy biblioteki używane w kursie są dostępne na macOS. Albo szukać alternatywnych bibliotek, albo szukać innego kursu. Wydaje mi się, że jednak większość kursów podstawowych jest tworzona z myślą o Windowsie.
Gdy chcesz by programy w C działały na kilku systemach operacyjnych, to są dwie drogi. Pierwszą jest szukanie bibliotek, które są multiplatformowe. Takie rozwiązanie jest czasem bardziej skomplikowane w stosowaniu, ale pozwala napisać jeden kod. Drugą jest najpierw pisanie na jeden system, potem próba kompilacji na drugim i naprawa kodu dyrektywami warunkowymi.