W sumie HTML i CSS możesz sobie spokojnie przeplatać tzn. HTML 1 -> CSS 1 itd.
JavaScript po kolei.
Co do PHP i MySQL to najpierw PHP 1 potem MySQL 1, następnie PHP 2. Po przepracowaniu PHP 2 dokończ sobie MySQL żeby mieć "z głowy" i spokojnie możesz działać PHP 3.
Bynajmniej ja tak robiłem i było optymalnie i wiedziałem co i jak, o co chodzi, a borykałem się z podobnym problemem do Twojego :>